Eclipseで作成するものをWindowsとLinuxで共有するには？

EclipseでへたれなJavaプログラムの開発をしているんですが、LinuxとWindowsでプロジェクトの共有をするにはどうすればいいんでしょうねぇ？　共有といっても『ネットワーク上のサーバにある一つのプロジェクトフォルダを両方から使う』というのではなく、『デスクトップPCとノートPCそれぞれのHDDに、同じプロジェクトを入れて使う』って形なんですが。特に困るのは「文字エンコード」についてです。Windows側のエンコードがMS932ってやつで、Linux側がEUC-JP-LINUXってやつがデフォルトです。そのままだと他方にコピーしたとき、ソースコードの表示も実行時のラベル類の表示も 当然文字が化け化けになってしまいます。Windows側で主な部分を開発しているので、文字エンコードの設定をMS932に統一すると、Linux側で実行したときに実行画面での文字表示がトーフになってしまいます。プロジェクトをコピーする前に全てのソースファイルを文字コード変換する？？それは余りにも手間がかかりすぎます。さてどうしたものか・・・　あー、それはそうと、ノートPCはCeleronM 800MHzのを使っているのですが、Eclipseが重すぎて実用的ではありません、とほほ。